Водохранилище образовалось в 1941 г. после сооружения Рыбинского гидроузла и затопления междуречья, расположенного между , Волгой. Мологой и Шексной Относится к числу хотя и крупных, но мелководных водохранилищ, около половины площади приходится на районы с глубинами менее 5 м. Наполнение до нормального подпорного уровня происходит в период с апреля по июнь. В дальнейшем, в течение остальной части навигации, уровень постепенно понижается на 2 м. Существенное влияние на уровень воды в отдельных районах водохранилища оказывают ветровые сгоны и нагоны воды. Сильные продолжительные ветры могут вызвать понижение или повышение уровня на 0,3— 0,5 м, что необходимо учитывать при стоянке в мелководных районах.
В соответствии с ветро-волновым режимом Рыбинское водохранилище относится к водным бассейнам озерного типа.
В период навигации преобладают северные, южные и западные ветры. Наиболее неблагоприятны для плавания мелких туристских судов вторая половина сентября и октябрь. В это время часты ветры, достигающие скорости 9 м/с и более; в открытой части и у наветренных берегов развивается волнение, опасное для малых судов. Волнение возникает после ветра очень быстро; волны крутые, короткие, асимметричные. При ветрах, дующих со скоростью 15—20 м/с, высота волны в открытой части водохранилища достигает 1,5—2,5 м. Водохранилище очищается ото льда в конце апреля — начале мая. Ледостав начинается в ноябре.
Видимость на водохранилище преобладает хорошая- за период навигации в среднем бывает лишь 10—15 дней с туманами, при которых видимость понижается до 200 м. Чаще всего такие туманы возникают в сентябре.
На туристской карте-схеме водохранилища показаны основные судоходные трассы, обозначенные светящими буями и ориентирами. На правой стороне судовых ходов (трасс) выставлены красные буи с красными проблесковыми огнями, на левой стороне — черные буи с белыми или зелеными проблесковыми огнями. Знаки-ориентиры светят проблесковыми красными, белыми или зелеными огнями.
К наиболее крупным селениям и городам ведут подходные фарватеры, обозначенные створами светящихся знаков.
Малые туристские суда должны идти вдоль кромок судовых ходов и держаться, как правило, правой кромки по ходу движения. При хорошем знании района плавания, если позволяют условия, рекомендуется держаться за пределами судоходной полосы.
Лица, управляющие катерами и лодками, обязаны внимательно следить за маневрами транзитных судов, за подаваемыми с них звуковыми и зрительными сигналами и точно выполнять указания судоводителей транспортного и технического флота, а также Правила плавания.